A área de concentração e as linhas de pesquisa oferecem ao Programa uma pluraridade de alternativas e possibilidade de desenvolvimentos tendo como contornos gerais uma atuação multidisciplinar nos tópicos de pesquisado Programa. Uma Ênfase possibilita ao aluno especializar-se em determinada área de atuação, sendo definida por núcleos específicos de disciplinas, juntamente com o desenvolvimento de um trabalho de conclusão de curso (tese de doutorado, dissertação de mestrado, e outros formatos previstos no mestrado profissional) nesta mesma área de atuação. As Ênfases estão formal e oficialmente aprovadas no arcabouço institucional da UFBA e, portanto, são passíveis de constarem nos certificados e diplomas por ela emitidos.
Uma Especialidade tem as mesmas características de uma Ênfase, porém está formal e oficialmente aprovada apenas no âmbito interno do PEI, e não no arcabouço institucional da UFBA, não sendo, portanto, passível de constar nos certificados e diplomas por ela emitidos. Portanto, uma Especialidade é uma Ênfase em potencial, em fase de amadurecimento ou de espera, seja por questões de componentes curriculares, infraestrutura, massa crítica ou demanda, podendo a qualquer momento transformar-se em uma Ênfase, a critério e juízo do Colegiado do PEI e da UFBA.