El área de concentración y las líneas de investigación ofrecen al Programa una gran cantidad de alternativas y posibilidades de desarrollo, teniendo como esquema general una acción multidisciplinaria en los temas de Investigación del Programa. Una determinada salida o énfasis le permite al estudiante especializarse en un área particular de actividad, que se define por núcleos temáticos específicos, junto con el desarrollo de un trabajo de finalización del curso (tesis doctoral, tesis de maestría y otros formatos previstos en la maestría) en esta misma área de actuación. Los énfasis o salidas están aprobados formal y oficialmente en el marco institucional de la UFBA y, por lo tanto, pueden indicarse en los certificados y diplomas emitidos por ella.
Una Especialidad tiene las mismas características que un énfasis o salida, pero está formal y oficialmente aprobada solo dentro del ámbito interno del PEI, y no dentro del marco institucional de la UFBA y, por lo tanto, no está incluida en los certificados y diplomas emitidos por ella. Por lo tanto, una Especialidad es un énfasis o salida potencial, en fase de maduración o de espera, ya sea por cuestiones de componentes del plan de estudios, infraestructura, masa crítica o demanda, y en cualquier momento puede convertirse en salida, a criterio y juicio de la Junta del colegiado del PEI y de la UFBA.