Atualmente o PEI não oferece cursos de latu sensu (ou especialização), disponibilizando turmas de Mestrado Profissional em seu lugar. Segue abaixo o histórico dos últimos cursos de especialização do programa:
CICOP
O CICOP (Curso de Especialização em Automação Industrial com ênfase em Informática, Instrumentação, Controle e Otimização de Processos Contínuos) foi concebido pelo Departamento de Engenharia Química da UFBA e pela AINST. Para lidar com engenharia de processos e/ou de controle, o profissional deve dominar conceitos e ferramentas de engenharia que, via de regra, extrapolam sua formação acadêmica. Ao concluir o curso, o profissional terá adquirido a capacidade e as ferramentas necessárias para envolver-se com problemas complexos na área de sua escolha, qual seja Instrumentação, Controle, Otimização e/ou Informática Industrial.
CEEGAN
O Curso de Especialização em Engenharia de Gás Natural (CEEGAN) vem atender uma demanda por parte de profissionais que desenvolvem suas atividades no segmento do gás natural, dando-lhes oportunidades de atuar de forma diferenciada nas áreas de distribuição descentralizada e de uso final do gás natural, nos setores industrial energético, comercial, público, residencial e transportes. O conteúdo programático do CEEGAN incorpora todas as fases do gás natural, desde a sua produção, beneficiamento, distribuição, comercialização e utilização, além dos aspectos regulatórios, de segurança e meio ambiente, inerentes ao uso do gás natural.
CEPI
O CEPI (Curso de Especialização em Engenharia Econômica, Estratégia e Prevenção de Perdas na Indústria) propõe suprir a carência de profissionais com visão quantitativa e multidisciplinar treinados de forma integrada nas áreas de Engenharia, Economia e Estratégia. Este curso visa formar profissionais capazes de atuar em diferentes aspectos relacionados à solução de problemas, otimização, e prevenção de perdas nos processos industriais. Assim, o CEPI tem como ponto forte a integração de conhecimentos na área de Matemática, Estatística, Tecnologia da Informação, Confiabilidade, Prevenção, Engenharia, Economia, Administração e Contabilidade, contribuindo na capacitação de profissionais com ampla visão dos negócios em que atuam.
CGA-HEMORREDE
O CGA-HEMORREDE (Curso de Especialização em Gestão Ambiental com Ênfase em Produção Mais Limpa para a Hemorrede Pública Nacional) foi criado para atender a necessidade de ampliar a capacidade gerencial dos Hemocentros por meio da capacitação de seus colaboradores visando à elaboração e implementação de modelos de Gestão Ambiental para o aumento da ecoeficiência das suas atividades, e assim proporcionar a estes profissionais uma visão do nível do desafio ambiental enfrentado pela sociedade, além da importância da participação dos órgãos e funcionários públicos no seu equacionamento. O curso foi desenvolvido pelo Programa de Engenharia Industrial em parceria com a Rede de Tecnologias Limpas (TECLIM) e a Coordenação Geral de Sangue e Hemoderivados/ Ministério da Saúde.